Вы неправы, и знаете почему? Генеральный директор женщина действующий или действующая
потому что в таких документах может упоминаться не только неизменяемый с каждым диром Устав, но и другие документы. Например, доверенность. Которая вообще делается только на конкретного человека. То есть Вы хотите сказать, что в 2-х аналогичных документах нужно писать по-разному? Генеральный директор женщина действующий или действующая
"Директор Иванова А. А., действующИЙ на основании Устава"
и
"Директор Иванова А. А., действующАЯ на основании лицензии № … от …"

Далее Вами процитированные правила лишь иллюстрируют то, что я и написала выше. Генеральный директор женщина действующий или действующая Само НАИМЕНОВАНИЕ должности в оф. доках пишется в мужском роде, даже если аналог в женском роде существует и широко распространён.
Но СВЯЗАННЫЕ С НАИМЕНОВАНИЕМ слова пишутся в соответствии с родом человека, к которому относится должность, если род известен. В данном случае он известен.

Про "главное" слово. Когда речь идёт о названиях — да. Например: "ОАО "Вымпел" провелО собрание акционеров". Но здесь не название, а упоминание ИМЕНИ ЧЕЛОВЕКА. Нельзя употреблять ЖЕНЩИНУ с мужским родом, понимаете? название должности — это другое.
"Директор Иванова отчиталась о проделанной за 2011 год работе."
"Директор ГМИИ им. Пушкина Ирина Антонова награждена орденом "За заслуги перед Отечеством" I степени."

и только так.

Если речь идёт не о глаголе или деепричастии, относящемся к существительному (в данном случае составному, пол которого определяет ФАМИЛИЯ, если она есть), а о прилагательном или причастии, относящемся больше К ДОЛЖНОСТИ, то можно употреблять его в том же роде, что и должность. Например:
"Наш любимый директор Иванова А. А…" или "Самый симпатичный секретарь Иванова А. А…."